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山西医科大学有2个校区，分为新校区和老校区。
山西医科大学的前身是山西医学传习所，创建于1919年。学校现有两个校区，占地1398亩，建筑面积50余万平方米；固定资产总值5.67亿元，其中教学科研仪器设备值2.5亿元；纸质图书135万册。位于山西省太原市新建南路56号的老校区是学校的科学研究中心。
新校区：文华街55号省高校新区
以本科生教育教学为主，主要承载部分医学类专业本科生前期教育教学、非医学类专业本科生教育教学、部分科学研究、留学生教育教学和与之配套的管理和服务功能。
老校区：太原市迎泽区新建南路56号(近迎泽公园)
以科学研究和研究生教育教学为主，主要承载部分医学类专业本科生后期教育教学、医学类研究生教育教学、部分科学研究、继续教育和职业技术教育、社会服务和与之配套的管理和部分服务功能。