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昌吉学院有2个校区，分别是南、北两个校区。
昌吉学院位于新疆天山北坡经济带中心--美丽的昌吉市,有着50多年的办学历史。其前身是成立于1959年的昌吉师范学校，1985年升格为昌吉师范专科学校，2001年5月经国家教育部和自治区人民政府批准升格为本科院校--昌吉学院。学院现有南北两个校区,占地面积1103亩。
南校区：新疆昌吉市世纪大道9号
北校区：新疆昌吉市北京北路77号
占地面积800余亩，各类建筑面积20万平方米。有包括外国留学生在内的各类全日制在校生7200多人。2014年学院官网显示，学院设有中文系、中语系、经济管理系、外语系、社会科学系、数学系、物理系、化学工程系、计算机工程系、体育系、音乐系、美术系、初等教育学院、成人教育学院14个教学系(院);开设42个本科专业(含疆内定向免费师范生专业)、15个专科专业(含疆内定向免费师范生专业)。